姉(35歳)夫婦が特別養子縁組で２歳の男の子を迎えました。 結婚して３年ほど経ち、子供ができない事から検査をすると旦那さんに精子がない事が判明。手術しても無理

個人的にはきっとお姉さんが産んだ子供だったとしても、同じだと思いますよ。主さんはもともと子供が得意ではないのでは？私は子供が嫌いで、結婚してもしばらく子供は作りませんでした。しかし、年齢的なこともあり、高齢出産で第一子をもうけ、今は二人の子供がいます。自分の子供は大事に思いますが、姪(実の妹の娘)の相手はやはり疲れますよ(^_^;)
仮に主さんがお姉さんの子供に対し、血の繋がりがない…と偏見を持ってしまったとしても、それは事実だし自然な感情じゃないですかね。完全に違和感が無くなることはないと思いますが、時間がある程度解決してくれますよ。