職場の後輩にあることを頼まれ、「いいよ！」と言ったことに対し、それを見ていた先輩から「なんか上から目線だね。」と笑いながら言われました。 なんと言えばよかった

いいですよ

という表現は許可認定が前提になりますね。
拒否権がある、とも言えます。


僕の職場は中途採用も多く、
年齢で10歳違う年下の先輩とかがいます。
全員、役職はありません。
では会話はどうなってるかと言うと、
お互いが立て合って敬語を通すのが基本となります。

頼まれたり頼られたり
お互い色々する場合
「承知しました」「了解しました」
というような返答をしており
砕けた場面で「オーケー」「了解」です。
「いいですよ」
は使いません。

言葉の細かいニュアンスを先輩に拾われると　チクチクしますね。