彼女が自律神経失調症です。 具体的にはストレスや不安を感じると吐き気をもよおしたり、頭痛が生じたりするそうです。 今回、彼女が苦手な電車に乗らなければならな

いや、片道2時間以上の送迎を頻繁に繰り返すのは普通に負担ですし、無理がありますよ。
ただ彼女さんにとっても電車に乗るのはかなり負担でしょうから、会うのをやめるとかタクシーに乗るとか、お互いの妥協点が見つかるといいのでは？と思います。

結婚子育ては、彼女さんにとってはかなり大きなハードルになってくると思います。
ですがそれ以上に「すぐ別れよう」とは思えない魅力を感じているのではないでしょうか？
完璧な人間はいないので、「彼女の能力値のパラメータはこことここが低めだけど、ここは高い」という風に、客観的に「できること、できないこと」を見極めて、お互いどう振る舞えば協力しあっていけるのかを考えてみてはどうでしょうか？

考えてみた結果「やっぱり自分は支える一方になってしまいそうだ」と思ったなら、別れを選択するしかないと思いますが、最初から支えるだけのポジションで結婚に踏み切るのはリスクしかないです。