私の娘が小学3年生なのですが、昔、商売が傾きかけていて2年程、姉に育ててもらった期間があります。姉の子供が今年大学に入学したので、入学祝いを100万包みました。

お世話になったことに感謝するのは良いのですが、
１００万というのは、さすがに。。度が過ぎているかなと
思いますよ。
現金で渡したのですか？
ご主人の理解もあって、お世話になったにせよ
失礼かなと思いませんでしたか。
（あなたのご主人にも相談してお金を包んだのですか？）

姉夫婦に借金をしていたのであれば、きちんと返すのはいいですが。
ご好意で助けてもらった場合は、大金で返すというのは。。
お姉さまも複雑な気持ちになるでしょう。

もちろん、お姉さまがこれはさすがに受け取れないと言って、
あなたが子供を世話してくれた恩と説明しても、それじゃあ１０万は受け取るからと
返してくださればそれで済んだことだと思いますが。

まずは、ご両親の気分を害したということ以前に
姉夫婦も困惑したと思いますので、話し合い、軽率な判断で
不愉快な思いをさせてしまった可能性がありますから、謝られた方がいいのではないですか。
（とりあえず、返却してもらうかどうかも話し合われるといいでしょう。）

大学のお祝いに、１０万でもかなり多いと思いますが。
成人や結婚祝いに、１０万渡したり、孫（姪、甥）が生まれたら出産祝い１０万、
という感じで、分割してお祝いを渡すのでもいいでしょう。
また姉夫婦が困った時に、助けるなど、互いに助け合ったり
親が病気や介護になったら、経済的な援助も率先するなど
他の方法もあったのではないですか？