僕は今中３なんですが、生まれつき色素が薄いことで悩んでます。集合写真とかで僕だけ心霊写真かってくらい肌が白くて、髪の毛も光が当たると金髪に見えるくらい色が薄いで

どうにもなりません。それは個体差ですから。
それに、どうにかすべき話でもないと思います。

ご存じかもしれませんが去年、髪が生まれつき茶色っぽい女子高生が学校に毛染めを要求されたという話が問題視されてニュースになりました。つまり、今の世の中は他人と違うことを問題視することが問題視されるようになってきているんです。
主さんにとってはいい傾向ではないでしょうか？

色素なんかを理由に落とすような学校は、どのみちろくな学校ではありません。

変に気にしたり、おどおどしたりしていると、そういう弱気が見抜かれてそれこそいじめの標的にされます。
染めるとかではなく、ありのままの自分でいいんだ、と堂々としていられるように主さんの心の持ちようを変えていったほうが、あとあと幸せになれると思いますよ。