理解を超えた会社

①はごめんなさい。パスです。

②③は、あり得る話。
下記のように推測します。

⚪︎⚪︎課というのは、過去に会社が立ち上げたプロジェクト(特定の目的を持った事業活動)でした。
普通プロジェクトで課を作る必要はないのですが、対外的に独立した課名を名乗った方が良いという判断だったのでしょう。当時のプロジェクトリーダーが、たまたま課長職だったため、⚪︎⚪︎課と名乗ります。
⚪︎⚪︎課はプロジェクトの名前に過ぎず、既存の指揮系統(ライン)を使用する以上、会社組織図には載せないことになりました(これが社長直轄のプロジェクトであれば、組織図に加えられたかもしれません)。

その後、
⚪︎⚪︎課では、一時仕事が忙しくなったためにスタッフの採用を計画しており、人事部は主さんを採用しました。

ところが、何かの理由でこのプロジェクトの解散が決まりました。
解散の決定は、人事部が主さんを採用した後でした。
人事部では、解散してしまったプロジェクトに主さんを配属することをやめ、別に採用要望があった現在の部署に主さんを配属したという訳です。

推測は以上です。
これで大体の辻褄が合います。
お役に立てたでしょうか