高校３年の息子です。バイト禁止校で、事情の子は申請制度で、部活は、特にバイト禁止の文化部です。3年ですが、まだ在籍で部費も今度徴収。２月はほとんど出席は無いそう

もう高三なんですから、本人に決めさせては？

大学へいったり、免許をとりたい希望があるならお金が必要。
うちはそこまで余裕がないから、色んな事がしたいなら、部活を諦めて申請してバイトをしなさい。

と、言うしかないんじゃないですか？
離れた場所と言っても、案外見られているものですよ。
雇い主がなにも言わなくても、働いている姿を見た人からいつの間にか、学校に知られるかもしれない。

一緒に働いている人が、ポロっと話すかもしれないし
ルールは守った方がいいと思います。
卒業前に叱られるのは、後味が悪いですよ。
この時期に内申書はもう関係無いでしょうけど。

部活を止めたくないなら、免許は無理。大学に入ったらバイトをして学費の足しにしなさいね。というしかないですよね。