単刀直入に言います。彼氏が気持ち悪くなってしまいました。生理的に受け付けないと言えばいいでしょうか？ とにかく汚いのです。部屋はもちろん汚いですし(実家です)

男性から見ても汚いですね。
「不潔」この言葉がしっくりくると思いました。

私は無理ですね。指摘して改善するか様子を見ても良いんじゃないでしょうか。
それで改めようとするならそれで良いし、無理なら一緒に生活するのは無理ですね。

膀胱炎の件、コンドームしてます？

してなかったら悪いとかそういう話しではなくて、してないせいで感染したのか、していても感染してしまうほど不潔なのか、これにより深刻さが変わるんじゃないかと思いまして。

まだ関係を続けるつもりなら、とりあえず、部屋が汚いところで、その部屋に彼女を呼ぶのはどうかと思うこと。それで不快に思っていることを言ったら良いと思う。膀胱炎の件は同時には言わずに病気を防ぐ対策だけに留めておくのが良いかもしれないですね。