スーパーにくるお客様がオカマの人で毎日くるのですが、休憩室で売り場のじゃがいもを買っては電子レンジでチンしたりパンのミミを電子レンジでチンして食べてるみたいです

そもそもなぜ性別を言う必要があるのでしょう…。お客様のひとり、でいい話ですよね。

じゃがいもは土が落ちるから、で理解できるとして(爆発はしないと思いますが)、パン耳はなぜだめなんでしょう？
パンくずが落ちるから？　そのお客様が嫌われ者だから？　それとも持ち込みのパン耳なのでしょうか。

いずれにせよそれをさせないためには、具体的に「レンジの使用は◯◯に限らせていただきます」と明記する必要がありそうですね。

また、レンジの使用以上にそもそも出禁なのに入ってくるのが問題のようなので、店員の間で共有し、なるべく入り口に近いところでご退店いただくようにしっかり対応したほうが良いのかも。
お店側がお客様を選ぶのは自由ですが、出禁と言っておいて入店を許しレジを通しているから起こってる問題ですもんね。
何度も入店後すぐに追い返すようにすれば、そのうち来なくなりますよ。