毎週とは言いませんが定期的に体調を崩してしまい、休みの連絡を入れたら「またかー笑」と言われました これって嫌味でしょうか？

体調ではないのですが、私も似たような事を言われた事があります。
入退院を繰り返していた父親の介護でどうしても休む事があるのですが(遠距離の病院に通院していて、車椅子の介助なので、どうしても一日潰れる)、理解がない人は本当に理解がないですからね…。
急に病院から呼び出しが掛かった事も何度かあったので、そういう時は嫌な顔されました。
向こうも困るのはわかるんですが、無理解程つらい物はありませんね。

もしまだ体調面に不安があるなら、週の勤務日数を少し変えてみるのは如何でしょうか。
例えば週三日にして、元気になったら増やせる職場に変えてみるとか。