体が痛い

それはおそらく東洋医学的にゆう好転反応だと思います。
疲労している筋をほぐし弛緩することによって溜まった老廃物を血液中から流すことによって熱(ほてり)をもった感じになります。だから余計酷くなっている感じがするので途中でやめてしまう人がいます。

体の歪みを治す作用で膝が痛くなるとありますが、間違ってはいないと思います。ですが、それは必ず膝がってわけではありません。おそらく事故で頚部を中心に歪みが生じた。その頚部が歪むだけでも自然と身体全体のバランスも悪くなったりします。その歪みを治すことによって悪いバランスで慣れていた身体が正常姿勢に戻そうとするとことによって他の関節に負担がかかることがあります。
簡単な説明になりましたが、おそらくこんな考えだと思われます。