子供が学校へ行くのを嫌がる

息子さんも主さんも辛い日々ですね。
羞恥心も強くなる年頃で、頻尿があるなら薬と水分調整を徹底するのは大事です。頻尿や腹痛は強い不安や緊張からのでしょうから、それらを和らげる事がとても大事だと思います。抵抗あるかもしれませんが、精神科(子供に理解ある医者を探し)にかかるのも１つの手です。 私の病院にも、子供が数名来ています。
病気!と大袈裟にせず、クラブ活動のように週一で。場合によって漢方薬やハーブを出しています(病院行かない場合でも試してみて)
あと、親の温もりはリラックス効果がありますから多少、嫌がられてもハグやマッサージしてあげるのはいいです。
イジメが絶対ないなら、学校はなるべく行かせて息子さんをやんわり叱咤激励(褒めすぎ叱りすぎはプレッシャーになり逆効果)一緒に頑張ろうと伝え続けてくださいね。
主さん夫婦仲は良いですか？夫婦仲が悪い家庭の子供が不登校ありやすい傾向もあるので念のため。