これは違法ですか？

何のために世帯分離するのですか？
役所にも聞かれると思いますよ。
滞納が心配なら籍を入れなきゃいいのでは？

世帯分離したら、税金も保険料も個々にかかってくると思います。
生活費が二重にかかる方がよっぽど経済的負担が大きいと思います。

因みに、子供が生まれる際に頂ける出産費用一時金ですが、国保に滞納があるとそこから差し引かれてしまうと思います。

もう一度考えてみてはいかがでしょう。