彼氏の妹が生理的に受け付けない

まず、その妹さんは変わらないと思います。
ご両親も手に余っているだけで再教育などできる能力はないと思われます。
また、貴女の彼も貴女に申し訳なく思ったり感謝したり妹を叱ったりもしていますが結局のところ受け入れていますよね。
こういう男性は優しいけど厄介なんです。
普通に考えてみてください。
一日目の態度でもう決断しなければならないでしょう。
彼が独り暮らししている状況なら結構ですが、貴女というパートナーと共有している住まいです。

本来なら、『今晩一晩は泊めてやるが明日午前中までに帰れ！
そういう態度なら二度と来るな！
来ても追い返すぞ！ わかったな！』

ですよ。

これが本当に妹のためでもありますよ。
ご両親ができないのならせめて兄だけでも常識というものを教えてあげなければ妹さんはどうなりますか？

残念ながら貴女の彼は優しいウェットな男性ではありますが厄介な人間なんです。
この妹を突き放すことはできないでしょうね。

別れの理由なんかどうとでも言えますが、私ならストレートに言います。

同棲でも夫婦でもどちらか一方が解消したくなればいつでもできます。

ただし、怨まれたりストーカーになられたりは怖いので冷静に『申し訳ないけど私にはやっていける自信がなくなった。精神不安定にもなった。どうか理解して欲しい。』と謝りますね。

多分彼は二度と妹を来させないとか言って貴女を納得させようとするでしょうが、結婚とは長い一生の問題です。彼のご両親は先に亡くなり妹はどうなりますか？
その時、妹に泣きつかれて突き放すような彼ですか？
本来突き放すような冷たい彼では嫌でしょうが、こういう肉親を持たなければこんな悩みもなく平穏に暮らせるんです。
それが一般的に普通の常識人の暮らしですよね。

最後に決めるのは貴女ですから、そのような不安や懸念、苦労をしてでもこの彼と人生を共にしたい！と貴女が思われたら本物です。
それは結婚するべきでしょう。