8月28日が生理予定日でしたが来なくて、生理予定日から2週間目に1度、3週間目に1度市販の妊娠検査薬を試しましたが陰性でした。 今日から基礎体温を測っています

ということは今日で予定日から丸2ヶ月生理が来ていないということでしょうか？

婦人科に行くにも生理不順の原因として妊娠の有無を聞かれると思うので検査薬をもう一度試して陰性である事を確認してから行かれると良いと思います（たぶん病院でも尿検査すると思いますが）。

婦人科で生理不順を伝えると、すぐピルを処方されるか、１ヶ月間基礎体温を測ってから再度来院くださいとグラフを渡されるかのどちらかの対応になりますので、基礎体温も今日からでなく通院後で良いかなと思います。

お大事になさってください！