子供の頃は普通に見ていた銀河鉄道999のアニメなんですが、安売りしてて、ふと買いました。それで哲郎の母親は誰に殺されるのでしょうか？父親が関わっていた…？メーテ

哲郎ではなく鉄郎です。

鉄郎のお母さんは、綺麗だったので、機械伯爵が趣味で人間狩りをしてはく製にして部屋に飾るという悪趣味を持っており、その犠牲になって殺されました（狩られました）

ただ、映画とテレビでは一部構成を変えているところがあり、テレビシリーズでは、鉄郎は機械伯爵の家を焼き討ちして、はく製となった母を見届けていますが、映画にはこのくだりはありません。
映画では、メーテルが、母の体そのもので作られたモノ（機械人間）だったという設定なので。

鉄郎はもともとは「機械の体を手に入れて機械人間になって長生きする」ことを目的に999に乗りました。
偶然出会った美女メーテルにフリーパスをただでもらえたので。
でもこの出会いも鉄郎を999に乗せたのも、すべてメーテルが仕組んだこと。メーテルは、機械帝国の部品の一部にするための人間（強くてたくましい少年）を999に乗せて機械帝国に送り込むという宿命を担わされていた。
そして999での旅を続けながら、鉄郎は「命は限りあるからこそ美しい。限られた命を精一杯生きることに意味がある」という結論に至り、機械帝国を崩壊させて、生身の体のまま地球に変えることを選ぶ・・・・・。

うろ覚えですがあらすじはこんな感じでしたね。
鉄郎の父親がなぜ黒騎士（ファウスト）になったのかは、覚えていません。