同棲している彼女がいます。 先日元カレとメールのやり取りをしていました。様子がおかしく何か隠してない？と聞くと、実は元カレからメールが・・・といった流れです。

＞元カレからのメールは今の彼女とうまくいっていないという相談だと言われました。

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これが事実かは分からないですね。
人間、自分に都合の悪い事は言いませんから

『元カレのことはもう過去だから心配しないでと言われました』←これは全く説得力がないし、筋が通っていません。
元カレとの絡みで何らかのメリットがあるから、主さんの懸念を無視して、元カレとのやり取りを貫こうとしているので、きちんと追及した方がいいです。