高3受験生、指定校推薦を狙っているものです。 とりあえず評定はそこそこの値をとっており、クリアはしているものの、その当時の最新の模試の結果(E判定)が悪く

ほとんど指定校ということは私立高校でしょうか。

指定校は成績だけでなくあなたの学校での態度や部活での貢献度などを会議で決めます。
あなたが部活動などにあまり積極的でなければ自分より成績が悪くても部活を頑張っている子にダブったときに取られてしまうと思います。
一般でも行けるというのであれば憧れの大学を選ぶことをお勧めします。そうでなければワンランク落とした方がいいかもしれません。