今から約7年前、主人が新しく就職したところは、ある社長さんが愛人のために作った会社(店)でした。 ですがその愛人(役員)に逃げられ、会社は役員がいない状態に。

うーん、
「店の所有権」というのは
強いていえば店を営業している会社組織などに帰すると思います。
で、株を持っていないということであれば
旦那さんはその会社組織に雇われた名目上の役員ということになります。

飲食店だということなので、
保健所に営業許可を取りに行ったと思うんです。
店のどこかに掲示されているはず。
その営業許可証をとりあえず回収しておいたほうがいいと思います。
また、許可証に店の名義等記載されているかと思います。

ただ、差し迫った状況でありながら分からないことだらけなので、
私があなただったら、司法書士に相談に行きますね。
あなたは東京にお住まいですか？