小学4年生の息子が視力回復のため、眼科に通っています。そこで検査をしてくれる女性の職員が気になっています。子供に対しては「○○くん」「○○ちゃん」と中学生ぐらい

どうなんでしょうね。
小さい頃からの掛かり付けだったりすると、「くん、ちゃん」付けだったりしますよね。

例えば、我が子達（中学生・高校生）が通っている内科は姑の代からの掛かり付けで、小児科ではないものの子ども達が乳幼児期から見て貰ってます。
掛かり付け歴も15年位経っていますから、ずっと名前に「くん、ちゃん」と呼ばれていますが、他の高校生位の患者さんは「さん」付けで呼ばれたりしていました。

逆に、既に大きくなってから通い始めた皮膚科では「さん」付けですね。

親の雰囲気で呼び名を変えるのではないと思いますが…。

学校でも、同じ先生が名前呼びする子と名字呼びする子っていますね。うちはどっちも経験ありますがあまり気にしてないですねぇ。