年中の息子の事で相談させて下さい。 息子が通ってるのは、認定こども園の幼稚園の部です。保育園の部と同じ部屋で過ごしています。 そこで、クラスに１人はいる

ちょっかいのレベルではないと思います。担任の先生もありえない発言だし、私なら担任に時間をとってもらい、もう少ししっかり話をし、それでもダメなら、園長なり上に話をしにいきます。
お子さん、相当なストレスではないかと思います。実際、行きたくない、お腹が痛いなど、サインをだしていますよね？
しかも、まだ年中さんですよね？
いくら仲がいいお友だちがいても、どうにもならなければ、転園を考えます。