コンビニで働いているのですが、今日、お客様にお札でお釣りを返したところ「なんで五千円札が上なの？普通一番下に五千円札でしょ！直すの面倒なんだけど！」 と言われ

色々なスーパーやコンビニで買い物してても、おつりの返され方なんて人によってバラバラですよ。
きちんとお札を揃えて返される方も(五千円札が上のかたも下の方も)、上下の向きがバラバラで返される方も。
先にお札を渡して、後で小銭を渡される方も、お札とレシートと小銭を一緒に渡される方も。
それでいちいちキレたりしません。
たまたま、変なこだわりがあって、その通りじゃないと怒りだすお客さんに出会っちゃったのでしょう。