昔の話(中2)なんですけど、性犯罪に巻き込まれた事があって警察沙汰になって、学校早退して警察に通っていてその時に警察で指紋とか粘膜とか写真撮られたんですけどそれ

主さんは、目撃者とか被害者とかですかね。
それだったら、残らないですし、破棄されます。
指紋を登録するのは、特別な技術がいる事ですし、労力がかかります。
今後使う可能性が低い指紋を登録したって無駄になるだけで、メリットなんかありませんからね。
他の人が言っている通り、被害者などの指紋を取るのには、現場に残された様々な指紋から、犯人の可能性がない指紋を排除するためです。
その時の捜査に必要だから取られただけです。