一般的な会社の健康診断では、 クラミジアやエイズ等にかかっていた場合、 検査結果に何かしら出るのでしょうか？

クラミジアの検査には
1.膣、子宮頸部、咽頭、そして主として男性の場合ですが尿、尿道に「クラミジアの菌が実際にいるかどうか」の検査と
2.血液中にクラミジアに対して抵抗する抗体ができているかどうか
の検査があります。
性的行為（オーラルプレイも含む）で他人に移るかどうか、治療の必要があるかどうか、不快な症状がある場合（クラミジアは無症状のことも多い）それがクラミジアによるものかどうか、を調べるには1.ということになり、現在は正確性の意味からも1.が主流です。
　ただし、過去の罹患歴を含めて情報を得たい場合や、卵管などの体の深い部位まで含めてクラミジアに反応してるかどうかを知りたいのであれば2.も省かない方がよく、クラミジアによる不妊を疑うのであれば2.も不可欠かと思われます。
もし2.もやりたい場合は、婦人科なり不妊治療病院でよく相談なさるのが一番ですが、お医者さんで単に「血液中のクラミジア抗体の検査をしたい」とさえ言えばたぶんやってもらえると思います。