郷に入っては郷に従え。 これは良くない事もですか？ 目を瞑る事が出来なくて辞めました。 辞めた事に後悔はしていません。 ただ悔しいだけ。

この諺は、新しい土地に来たらその土地の習慣や風習に従うべきだ、というものですね。
風俗や習慣はその土地によって違うものですし、長い歴史の中で培われてきた風俗習慣には理不尽に思えても隠れた大きな意味があることが多いので、自分の浅い見識で頭から否定するのは良くない、そういう意味もあると思います。

でも、主さんの場合、土地ではなく職場なのですね？
その職場の、独特の風俗になじめなかった、ということですね？
「良くない事」とは、主さんの倫理観に反すること、ということでしょうか。
もしそうであるなら、自身の倫理観正義感を曲げてまで従うことはないと思いますよ。
職場などの場合、まさに「悪習」としか言えないような習慣がまかり通っている場合もあります。
そのような場所に身を置いて、自身の倫理観に反する生き方をして自分を偽ったり傷つけたりしてまで続けていく必要はないのではないでしょうか。
職場は、一つではありません。
自ら身を引く決断をすることは、悪いことではないと思います。