新婚ですがもともと遠距離恋愛だったので、別居婚中です。子供を希望しているのですが、妊娠前退社して夫の元へ行くか、妊娠後に育休取得してから夫の元へ行くか悩んでいま

妊娠して、育休取得して、別々で子育てして暮らしていくの？どっちにしても子供が出来たら、辞めるんであれば、
妊娠前に退社して、旦那さんの所へ行ったほうが、いいのではないでしょうか。

どちらが幸せ、とありますが、旦那さんと暮らせるだけでも、（好きな人とずっと一緒に暮らせる）幸せなことだと思うんですが。
金銭的なものが、不安で、幸せになれないのであれば、それは結婚前に気づくもので、子供を産むことで生活が不安になるんであれば、子供はもう少し後にする、とかあると思います。
いずれにしても、二人で暮らさないことには、何にも話にならないと思います。
それと、そのことも旦那さんと相談したらいいと思うんですが、一人で悩まずに、頼れる人がいるのだから、旦那さんに相談するほうがいいと思います。