離婚する事が決まり、離婚届もお互いで書いて後は出すだけなのですが 戸籍をどうするかで旦那が悩んでます。 旦那は婿に来て貰った人なので、 離婚したら旦那

一緒に提出するんでしょうか。夫に任せるんでしょうか。あなたが行くんでしょうか。
婿に来てもらったということですが、夫と親との養子縁組はなさっていますか。なさっているならその離縁もやらないと親子のままですよ。
養子縁組はしていないで、単に妻側の姓を名乗ったというだけのことなら、離婚届けを出せばそれで終わりですよ。夫が旧姓に復すのか（復籍する）婚姻中の姓を名乗るか（新戸籍を編成）は３か月以内に決めればいいので、お急ぎであればとりあえず離婚だけしておくのもよろしいでしょう。離婚して何もしなければ一旦は元の戸籍に戻ります（お子さんがいて父親が親権者ではないですよね）が、３か月以内に婚姻中の姓を名乗るように届ければ、夫の単独戸籍が創られます。
まあ、そんなに悩む必要はないでしょ。一緒に行けば、書類の記入ミスなどはすぐにその場で訂正できますから、一緒に行く方が確実でしょう。