彼に昔のことをきかれて、違うよーどうして?って聞いたら、何でもない！と言われて話が終わったのですが、 やっぱりなんでそれを聞いたのか気になって、改めて彼にどう

もしかして過去にセフレがいたという方でしょうか？(違ったらごめんなさい。)

悪いことをしたと思っていないなら、聞いたことに対して謝るのは必要ないと思います。
嫌な気分にさせたことや、相手の気持ちをうまく汲み取れなかったことに対しては、あくまで話し合うきっかけとして「ごめん」と謝ってもいい気がしますけど…。

悪いと思っていないことに謝ってしまうと、今回の喧嘩がおさまったとしても、長期的にみてすこしずつ価値観のズレが大きくなっていってしまう気がします。