電車で女性が座った後に離れるのとか、いい加減にしてほしいと思っているんですが、おかしいでしょうか?こっちの顔を見て離れられた事もありました。 女性って男尊

考え過ぎだと思います。
主さんの隣に座ってみたけど、目測よりキツかったとか何らかの理由により離れることはありますし、他の方も書いていますが主さんに限らず隣に男性が座ることを嫌がる人もいます。

でも、100%離れられるなら主さんが気付いてない何らかの原因があるのだと思います。それが、主さんは悪くなく仕方なくても、です。

指定席でもない限り、席を移動する自由がある以上どうしようもないと思います。

私は背がかなり小さいので、大きい人が隣に来るとめちゃめちゃ怖いです。また、鼻が割と利くので香水や体臭の強い方も苦手です。
逆に私のように小さい人が邪魔だと思う方もいるでしょうし、いろんな人がいますよ。

後はやっぱり国民性かな。電車じゃなくとも座席は「詰めて下さい」の案内がなければなるべく他人と接触しないように離れて座るのが一般的です。気にしてたらどこにも座れません。
私は隣の人が立ったら、空くことでホッとしますがね…。