一軒家探しててネットに乗ってたんですが中古物件で新築未入居で2LDK➕納戸＋WICが土地込みで3280万でした。 WICと納戸は三畳ずつです 土地代は載って

平均…はわかりませんが、高いんじゃないでしょうか？
うちは5LDK＋WIC＋納戸の注文住宅を中堅ハウスメーカーで建てましたが、上物だけで3500万弱です。
ハウスメーカー次第では、その値段で主さんの希望に合わせた注文住宅建てられちゃうんじゃないですか？

注文住宅の値段ははたとえば屋根にソーラーパネルが付いてるとか、R壁を多用してるとか、お風呂が断熱になってるとか、
そういうのでもかなり変わってくるので間取りだけではなんとも言えませんが
その工務店の売りは何なのでしょう？
たとえば注文の自由度や個性的なデザインが売りで価格が高くなっているのなら、私ならそこに高いお金を払う価値を感じませんが
省エネ性や頑健性が売りなら、もしかしてお買い得かもしれません。