小学２年生の娘なんですが、小学校が同じで習い事も一緒な同級生のお友達がいます。 その子に妹さんがいるのですが、習い事の送り迎えで妹さんがお母さんと一緒にいると

そんなに気にすることではないと思います。
確かに相手方のお姉ちゃんの気持ちを考えたら可哀想かなとは思うけど、そこをフォローするのは相手方のお母さんにお任せしたら良いことです。
うちも姉妹がいて、上の子のお友達からは、下の子が可愛いーって可愛がられがちです。でもそれを上の子のお友達に辞めて欲しいとも思わないし、それが理由じゃなくても上の子がぐずる、拗ねるなんてのは日常よくあることなので、こちらは気にしてません。