進学が危ない

中学なら上への内部進学が不可能でも卒業証書は義務教育なので頂けると思います。

つまり、卒業の意志を何を言われても親の協力も得ながら邁進してみて下さい。
先生の心配される真意は主さんは主さんなりの悩みがたくさんあるけど言い出すときりがないので自分自身を見失わない様にと忠告されているのではないでしょうか❓

中学は形式的な卒業になったとしても自身の甘えとして後々の反省材料にできる様に次に繋げて行って下さいね。