不登校で一般入試に何か影響はありますか？

公立なら2/3以上の出席日数が必要ですよ。

大学側がどの程度まで出席日数を考慮するかわからないのでとりあえず行って、早退or内職でいいんじゃないですかね？

耳栓や音楽プレイヤーを利用したり、朝や休み時間に図書室で勉強したりなど工夫は出来ますよ。

受験直前期に休むためにも、前半だけでも通った方がいいです。調査書は請求したときまでの成績と欠席日数が書かれますので、3学期からならある程度休んでもいいと思います。