大阪の共済金詐欺を見て思ったけど、ビックモーターの保険金の不正請求と何が違うの？ 娘（車）を故意に悪いように見せかけて保険金を騙し取ってるのは同じではない

これは今後の捜査の進展や検察の判断によるでしょうね。

大阪の事件の場合、もともと健康だった娘を病体にして入院させ保険金を詐取していることが詐欺に該当するとされています（そのほか傷害、強要等）。もともとなかった請求要件を作り出して請求してるわけですね。そしてそれについて謝罪や弁済等もしていません。

ビッグモーターの場合、修理の理由となる事故等はもともとあって、依頼のあった車を修理する段階でより過重な損傷にして、保険金を不正請求していたわけです。そしてビッグモーターはすでに事実を認め、保険会社との間で返金についての交渉も始めようとしています。
詐欺では、錯誤を起こさせる事実の捏造と、財産の損害は罪の成立の主となる要件なので、これが保険会社とビッグモーターとの間で解決され、保険契約者の損害も解消された場合、立件の必要性が薄いという判断もあり得ます。

今回の場合、組織的に行われていたようなので、最終的には役員の責任は問われる可能性が高いとは思われますが、保険会社からするとビッグモーターは重要な販売窓口なので、あまり強硬に出づらいということもあり、警察・検察も被害が明確でない間は慎重にならざるを得ないかもしれません。