妹が不倫しています。 旦那とはもう離婚確定していて、後は親権についてもう少し話し合いが必要な状態です。 現在別居しており、妹は実家に子供と帰ってきていますが

そんなに心配なら子供を預かればいいのでは？伯母の所なら何も問題もないんだし。離婚が成立するまでの間だけ。
子供はきちんとした大人が愛情もって育てれば、問題ないです。例え不倫相手だろうが、きちんと食事が取れて布団で寝る眠ることが出来ているなら、車中泊なんかよりよっぽどいいです。倫理的には不倫相手は良くないかも知れませんが、母親が安心しているのと、実家にいてケンカが耐えないなら、不倫相手のところの方があんしんです。これが虐待や育児放棄ならまた話は別ですが。