先日、社用車で事故を起こしてしまい 会社の保険で事は済んだのですが、 地元に戻るという理由で退職する事になりました。 そして、退職願を上司に渡して

それはおかしいよ。
例え車の事故だって、業務時間内の過失による損失を個人が負担する必要はないはず。

1さんのいうように、職安(ハローワーク)で相談に乗ってくれるのかな？
労働基準局ては、どうなんだろ？

主さん、はっきり言うけど、そこ、相当チンピラな会社ですよ。
具体的な方法をアドバイスできなくて心苦しいけど。払う必要はないものだから。
どこかに相談機関があるといいのだけど。