給料センターの仕事に採用されました。 衛生面で厳しいとわかっていましたが、採用前の説明で、下痢や嘔吐をした場合は必ず報告してください。欠勤と病院へ行くよう指示

衛生面での下痢や嘔吐、というのは、感染性の胃腸炎、ノロやロタ、O-157等病原性大腸菌への感染や食中毒の際、ということですよね。
他の職員等に伝染してしまわないように、という意味だと思います。

そうなると、同じ下痢でも主さんのような体質的な下痢は、対象外なのではありませんか？
他人に伝染る心配は、ありませんから。

「いつもと調子が違うってのはわかるでしょ？そんな時です。」というのは、そういう意味ですね。

だから、例え主さんが朝から下痢しても、主さんがまたいつものだと思えば、報告の必要はない。
主さんが「なんか変だな、いつもと違う」と思えば、一応報告する。

そういうことでいいのではと思います。