私には小学生の子供が三人います。 旦那が先日、住居侵入窃盗犯で逮捕され、現在拘留されています。 余罪も多く常習犯だったらしくまだ出てきそうにはありません。

私も会わせないですね。
悩みどころとは思いますが、元旦那には子供達のために今のあなたには会わせられない。会いたいなら更正して下さい。と言います。
どうするかは元旦那次第です。
元旦那が罪の意識を感じて反省し、真面目に働き、更正するように努力を続けているなら様子を見て会わせることも考えますが、変わる意志もなく、子供に会う事より自分の癖（欲？）を優先させるならそれが答えだと思いますので子供への影響を考慮し、会わせません。

ただの大人の感情論ではなく犯罪が絡んでいるので、大人の都合というより子供達の将来を考えて行動するのは母親であるあなたの義務だと思います。