職場でよく話していた女性から、ストーカー扱いされました。僕は24歳、女性は23歳です。 僕はJRの定期を持っているのですが、人が多くて座れないので最寄り駅が始

実際、女性はとても怖かったのですから怒られても仕方がないですね。言われないと彼女の思いにも気づかなかったのですから。
わたしも通勤途中に知らない男性から話しかけられてとても気持ち悪かったですし、職場近くのコンビニですれ違ってゾッとしたことがあります。

通勤ルートとして申請されているのでしたら理解できますが、本来のルートではない地下鉄でよく会って…てなると理由なんて知らない彼女からするとストーカーに思われても仕方がないです。
仲良くなるためでしたら同性の友人から作った方が良いと思いますよ。主さんの文章を読むと、少なからず彼女に好意があるような気がしますが。

誤解を解くには理由を話すしかないでしょう。お礼で書いてあることを話して、許してもらえるかは彼女次第です。それから彼女には二度と近づかない方がいいです。