彼と付き合って2年弱、エッチをするようになって1年弱なのですが先日初めて彼の性器を見ました 私が極端に恥ずかしがり屋なのでエッチの時は暗くしてもらってました

屈曲陰茎じゃね？
海綿体組織が何らかの原因で破壊されている可能性がある。
治ることは無いと思うが、あまりにも酷い場合は病院に相談ですね。

ちなみにオナニーのし過ぎで曲がるなどと言う都市伝説を語る人もいますが、それは無い。
それは落語だか漫才だかで(右利きの人が)テニスを一生懸命したばかりに右手が左手の倍近く伸びたって話の派生形からきた昭和のジョークです。

海綿体組織が強い衝撃や圧迫を受ける事で損傷を起こすのが殆どの場合ですが、それほど強い圧力をかけてオナニーする人など滅多にいません(痛みの方が強く快感にはならない)。
また、体質的に生まれながらにして海綿体組織がアンバランスであったために曲がっている人もいます。

さらに幼少期に包皮切開手術などをした、膨張率を医学的に検証せず包茎手術をしたなど場合は、高い確率で屈曲陰茎になりやすいとも言われています。