父親が心配です。 現在は母と別居中で、姉と私は大学生です。 姉も私も実家から往復5000円くらいするところにいます。また、金銭的に厳しいため、土日はバイトを

大学生ですし、あまりお父様のことを考えていても気が滅入るので、電話があった時には対応する。夏休みや冬休み、父の日、誕生日などは可能なら帰ってお姉さんと一緒にお父様に親孝行をする程度でいいのでは？
学費もアパートも全て親に出してもらっているのですか？
かなり金銭的にお父様に負担させているなら感謝の言葉は定期的に伝えた方がいいかとは思いますが。
お父様の家族への接し方の結果、お母様もあなた達も気持ちが離れてしまったんですから自業自得な部分もありますよね。
寂しいのは本人が解消しなければいけない問題だと思います。趣味を見つけるとか仕事に没頭するとか。
あなたがお父様を変えられるわけではないですよ。出来る範囲でやるしかないし、負担なら最小限にするしかない。
これから結婚してあなたやお姉さんが新しい家庭を築いたら、さらにお父様は寂しくなるでしょう。
時々顔を見せてあげる、手紙を書くなどして感謝の気持ちを伝える等でもいいと思いますがね。