私は個人事業主なのですが、請負先からの通達で「これからは管理指導を徹底する」ような文言の入る文書を渡されました。 旦那に言うと「個人事業主は会社に雇われて

ん、何を問題に思われてるのかがちょっとよく判らないんですが…その文言が不適切って事？

請負契約での「依頼側と請負側」との「依頼・請負関係での依頼先から請負側に対する管理・指導の事」ですよね。
「これこうやってください」「これはこうしないでください」とか「それを軽視する請負先はやめてもらう事もありますよ」を徹底するって事では。つまり今後はウチはちゃんとしていきますよと言う体裁作り。で、もしかすればどこかやめてもらいたい請負先があるからかもね。
雇用主と雇用者の会社が社員やパートを雇い入れる「雇用関係での管理・指導の事」ではないのでは。