丁寧すぎて遅すぎるレジの店員さんについてクレーム出すのは非情でしょうか？ 普段行くスーパーに、悪く言えば卑屈なほど丁寧なアラフィフか60代前半くらいっぽい女性

私がパートしてたスーパーは結構非情で、わざわざ電話でのクレームが入ればすぐ解雇でしたね。
お客さんにとってわざわざ電話するほどということは、改善されなくても来てくださる可能性は低いから。
一度では解雇しなくても、同じ店員のことで二回クレームが入れば解雇でした。
都会で徒歩圏内だけでも７店ほどスーパーがあったからかもしれません。すぐお客さん取られますからね。

他のレジには二人並んでてその店員のレジには誰もいなかったって、よっぽど嫌われてますね(笑)
主さんが二回め以上のクレームだったからいなくなってた可能性はあります。