私はパートで医療事務をしています。現在のコロナ関係で受付時に患者さんに体温および体調チェックを行います。それに関しては働いているし、職場が決めたことだから仕方な

だんだん人としてしんどくなる状況ですね。。。
「面識のない人」だと思わず、 「常識のない人」か「無知な子供」だと思えばいいのではないでしょうか。
（私は直接の医療関係・新型コロナ関係の従事者ではありませんが、知人に相談窓口で働いている人がいるのですが話を聞いていると、常識ない人の発言は上手にスルーしているようで、強靭なメンタルだなと感心しています。）

相談者様からの主張は一点だと思います。

・体温チェックをしていない方は受診ができない
つまり、（所属している医療機関が他の患者のために）「帰ってくれ」という権利を労働者に与えているかと思います。

パートとして入っている相談者さんが「帰ってくれ」とは言えない状況かと思います。周りに強く出てくれる管理者さんなどがいない場合は、管理者の方へ相談してみてはどうでしょうか。それでも改善できない場合は、直接強く出ることもいいかと思います。
この混乱ですから、相談者さんが損な選択をされないよう、心から応援しております。