中2男児の母です。実は学校からの連絡でわかったのですが、息子が近所に住む一つ年下の女の子に反復して性行為をしていたようなのです。事情を聞くと、小学校の時

＞もしかすると被害者の子も100%嫌ではなかったのではないかという気持ちもあります。
＞3年以上体を触られたり性行為をされてその間誰にも相談しなかったのは何故だろうという気持ちはあります。
＞心底嫌だったら3年以上我慢できないような気がします。

これは…この認識はダメです。
日本ではこの認識がまかり通っていて、性犯罪が立件されにくいですが。
動物や昆虫は、生命の危機を感じるほどの恐怖に陥ると、死んだふりします。
これは「疑死」と言って、生き物のの本能です。

「ふり」ではなく、本当に身体が意志に反して突然動かなくなるのです。

＞動物は自らの意志で擬死をするのではなく、
＞擬死は刺激に対する反射行動である。
wikipediaより

反射なので、熱いものを触ったら瞬時に手を引っ込めるのと同じです。
同じく、瞬時に身体が動かせなくなるんです。

レイプ被害者は、大概、死ぬほどの恐怖を感じて、この疑死の状態になります。
時間経過後、運動機能が回復しても、また狙われたときには、同条件なのでさらに容易に起こります。

これを繰り返すうち、抵抗する気力をなくすのです。

また、
＞少し楽しんだけど
とありますが、これも違います。

女性器は感じていなくても濡れます。
歯医者で器具を突っ込まれたら、唾液が出るのと同じです。

または、身体の機能として、快感を感じた可能性はあります。
が、それも同じく、「触られたから反応した」以上でも以下でもありません。
　
その裏で、「自分の生命を、放棄させられていいようにされている」という状態ですから、人としての尊厳はズタズタになっています。

あなたの息子に情状酌量の余地はありません。
たとえ発達障害だろうと、犯罪は犯罪です。

上記から、被害者には一点の落ち度もありません。

転校させて、また同様のことが起こらないよう、あなたが仕事をやめて監督するか、少年院などに送って、監護してもらうべきと思います。