勝手に早く会社に来て仕事をして、後から残業代請求できますか？　上司は知っているけど黙認していました。残業代が出ないなら明確に始業時間前に仕事することを禁止にする

勝手に、というからには、会社からの指示はなかったんですね？
その早出は業務上必要なんでしょうか？そうしなくては、業務が完遂しない、必要な早出残業なんでしょうか？
それともただ、主さんの仕事がその方が早く進む、というだけなのですか？

会社が、それを注意もせず放置していたのなら、残業代を支払う義務が生じてくる可能性があるようです。
ただ、会社からの明確な指示はないんですよね？あるいは、例えば「これをいついつまでに準備しておいて」などの黙示的な指示もなかったんですよね？業務上の必要性がない、とはっきりしている場合は、請求が難しくなることもあるようです。
お互いにどうしても納得いかないとなれば、裁判になるかもしれませんね。

ところで、どうして主さんは早出してるんでしょうか？
遅く帰る残業はされているんでしょうか？
社風として就業時間がルーズな会社なのでしょうか？
背景や必要性が見えてこないのですが…
始業時間は決まっていますよね？何故それに従わないんでしょう？
フリーランスの契約でもフレックスの契約でもないんですよね？