基本的に、所定労働時間÷所定労働日数＝1日の労働時間でしょうか？ 上が正しいとして、給与明細に書いてある数字で計算すると、7.5時間になりますが、 始業

36協定を締結すれば残業は可能になりますが、1日8時間週40時間の上限は基本変わりません。
その時間を越えて労働した場合は残業となるので、たとえ36協定が締結されていても拘束時間を8.5時間にすることはできますが、0.5時間分は残業という考え方は変わらないです。

ですので9:00-18:30を拘束時間とするなら企業としての選択肢は2つです。
1.休憩を1:30にする
2.18:00以降は残業としてカウントする

なので就業規則が主さんの言う通りなら労働基準法に違反しているということになりますね…。
私も8.5hの実働はハローワークが受付ないという認識なので、恐らく募集の段階では休憩時間が1:30になっていると予想します。

違法な残業など厳しい時代なので、労働時間については危ない橋を渡る社労士はあまりいないと思いますよ。
おそらく貴社の就業規則や協定届に違法性はないけれど、実態は異なるという現状なのでしょう…。

長々と失礼いたしました。