既婚、5歳3歳1歳の息子が3人います。 現在、父母と弟夫婦で新築の2世帯同居になり半年ぐらいが過ぎました。 1階が父母、2階が弟夫婦。 キッチン・玄関・お

自分なら弟さん夫婦に合わせます。
主さん達が弟さん夫婦を傷つけてしまったのは紛れもない事実ですので、まず心からの謝罪をします。

向こうが不妊治療しつつの同居が嫌だと感じているなら弟さん夫婦が支払ってきたお金を払い、同居します。主さん達からしたら今までの生活とほとんど変わらないので、うまくいくんじゃないでしょうか。

このまま弟さん夫婦が同居されたいと言うなら、行く頻度を減らす…というか盆正月などのイベント以外は極力行きません。

ちなみに主さん達がご実家によく行かれる理由は何でしょう？
子育てを手伝ってもらえるからですか？アパートだと手狭だからでしょうか？
もしそうなら自分たちで近くに新しく家を買うなりして対処するのがよろしいのではないかと思います。ご両親の力を借りる前提で子育てせず、自立しましょう。
どうしても力を借りなければならないときはご両親を呼ぶ形にしたほうがいいと思います。