先週の月曜日から有給休暇中の女性部下から私への脅迫LINEが続いてます…。 「会社やめろ！」 「二度と顔を見合わせてたくないので私の休暇中に辞表を出せ！

上司と奥さんに正直に報告するしか無いよ。
何をしても最終的にはバレるだろうし、隠そうとか被害者ぶろうとか卑怯な事は考えずに、正直に話しましょう。
少しでも自分の保身の為に事実を隠そうとしたり、嘘をついたり言い訳したりすればする程、信用信頼関係は修復不可能になります。
心当たりあるでしょ。元カノにも都合の悪い事を隠して自分に都合の良い様に話して利用しようとした事がバレて、怒らせてるんだから。

ここで相談しても、主さんの思う様な都合の良い結果にはならないよ。会社の事も、離婚の事も色々と本気で覚悟しないといけないね。。