生理日にトイレに行く回数が多く目立ってしまうと注意を受け、その件で相談したものです。 今度は私が出社していないということで上司から厳しい面談がありました。

トイレに行く回数が多くなる理由を話しておけばいいんじゃないでしょうか?「(生理のことなので話してもいいとは思いますが上司が男性で言いにくいなら)体質なのでどうしても難しいんです」とか話しておけば別にトイレくらい行けばいいんじゃないでしょうか?
何故そんなに回数のことを言われなければいけないんでしょうか?
人それぞれ頻度は違うと思います。

人のトイレの回数を気にする、会社がおかしいような気がします。サボりかと勘違いされてるとかですかね。。?ならちゃんと話しておいたほうがいいですよ。